Les terrasses artificielles ménagées aux pieds des façades sud et est du monastère abritent le jardin des moines et les jardins du roi et de la reine. Depuis le belvédère qui les surplombe, on peut contempler le grand bassin, les vergers du Bosquecillo et le Bois de la Herrería, avec les deux monts Machotas en toile de fond.
Les jardiniers que Philippe II avait fait venir expressément disposèrent des haies de buis encadrant des parterres de fleurs aux couleurs vives, faisant ainsi penser à de « beaux tapis tout droit venus de Damas ». De nos jours, ces carrés de buis ont été taillés pour former des dessins originaux.
Les jardins de style néoclassique de la Casita del Infante (Maison de l’Infant), agencés sur plusieurs niveaux, présentent une succession de carrés de buis et d’arbres fruitiers, encadrant des plates-bandes de roses et des conifères, le tout agrémenté d’une décoration originale faite de vases et de fontaines.
Les jardins de la Casita del Príncipe (Maison du Prince), dans la localité d’El Escorial (une commune distincte de celle de San Lorenzo del Escorial), sont divisés en deux parties. À l’avant du bâtiment, on peut admirer des allées délimitées par des haies de buis partant d’une fontaine, ainsi que plusieurs conifères et séquoias de grande taille. À l’arrière, ils présentent une série de carrés faits d’arbres fruitiers, de rosiers et de conifères, ainsi qu’une belle arche en cyprès, une petite cascade et un grand mascaron doré qui verse dans un bassin l’eau servant à l’irrigation du jardin.